Dies ist der erste Teil von Professor Layton. In ihm übernimmt man die Rolle von 'Professor Layton' und seinem Gehilfen Luke Triton. Die beiden wurde in eine kleine Stadt namens Saint Mystère eingeladen um einen Familienstreit zu lösen. Es geht das Erbe von dem Baron Augustus Reinhold. Den goldenen Apfel. Der jenige der den goldenen Apfel finden sollte, bekommt ihn. Die beiden begeben sich auf eine spannende Suche und müssen auf ihrem Weg eine Menge Rätsel lösen. Doch in der Stadt passieren mysteriöse Dinge...
Im zweiten Abenteuer hat Professor Layton einen Brief von seinem Kollegen und Mentor, Dr. Andrew Schrader, erhalten, in dem dieser die Gefahren der Schatulle der Pandora beschreibt, die jeden tötet, der sie öffnet und Professor Layton bittet, die Studien zu Ende zu führen, falls ihm selbst etwas zustoßen sollte. Wie es der Zufall will, finden die beiden Dr. Schrader tot in seiner Wohnung. Also beschließen sie, die Schatulle zu finden. Ihre Suche führt sie in die Stadt Folsense. Aber auch dort passieren merkwürdige Dinge.
Im Gegensatz zu den ersten beiden Abenteuern, die an den fiktiven Orten Saint-Mystère, Dropstone, Folsense und kurzzeitig London spielten, zieht es Professor Layton und seinen Lehrling Luke nun die ganze Zeit nach London bzw. in seine Zukunft. In London steht die Enthüllung einer Zeitmaschine bevor. Dann kommt es jedoch zu einem unerwarteten Zwischenfall: die Zeitmaschine explodiert bei ihrer Inbetriebnahme, und als sich der Qualm lichtet, sind sowohl der Erfinder, Professor Dimitri Stolypin, als auch der Premierminister, der als Versuchskaninchen diente, spurlos verschwunden. Layton und Luke beginnen herumzuschnüffeln und stoßen im Hinterzimmer eines Uhrengeschäfts auf eine zweite Zeitmaschine, die sie zehn Jahre in die Zukunft verfrachtet. Dort treffen die beiden ein wenig später in einem Casino auf das zukünftige Ich von Luke, womit das eigentliche Abenteuer erst seinen Anfang nimmt.
Dies ist der Film der Reihe. Professor Layton erhält einen Brief von Janice Quatlane, einer ehemalige Studentin von ihm. Sie hat Opernkarten beigelegt und schreibt, dass sie als Sängerin in einer Oper auftritt, welche im „Crown Petone Theater“ auf den Kreidefelsen von Dover im Atlantischen Ozean stattfindet. Zuvor war ihr etwas Ungewöhnliches passiert: Eine Freundin von ihr, die ein Jahr zuvor verstorben war, tauchte in Gestalt eines siebenjährigen Mädchens wieder auf und behauptete, dass sie die Unsterblichkeit erlangt hätte.
Außerdem wird ein Mädchen vermisst und Janice denkt, zwischen den Fällen gäbe es eine Verbindung. Man beschließt, die Aufgaben zu verteilen. So werden Layton und Luke sich die Oper vor Ort ansehen, während Emmy Altava sich auf den Weg macht, um Vermisste zu finden. Dabei stattet sie auch Dr. Schrader einen Besuch ab...
In der Oper nehmen Layton und Luke in der ersten Reihe Platz und genießen die Vorstellung. Als die Vorstellung zu Ende ist, applaudieren Layton und Luke, doch der Rest der Zuschauer scheint gelangweilt zu sein. Als die Bühne geräumt wird, taucht ein mysteriöser Mann mit einer Maske auf und erzählt den Zuschauern etwas vom ewigen Leben. Bis auf Luke und Layton wussten alle Anwesenden, dass hier das ewige Leben versprochen wird. Er sagt jedoch, dass nur der Sieger eines Spieles das Geschenk erhält. Die Verlierer aber werden sterben. Ein Teil des Publikums bricht in Panik aus und wird daraufhin in einer Fallgrube eingesperrt. Die übrigen Gäste werden von maskierten Helfern des Unbekannten an der Flucht gehindert. Layton und Luke wollen an dem Rätselspiel teilnehmen, um herausfinden, was hinter allem steckt.